Expansion géographique et diversité de Xanthomonas citri pv. citri sur les agrumes dans la région du Sud-Ouest de l’Océan Indien
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Le chancre Asiatique des agrumes est une maladie provoquée par la bactérie Xanthomonascitri pv. citri. Cette maladie se caractérise par l’apparition de pustules entourées d’un halo jaune chlorotique, qui se développent ensuite en chancres. La maladie provoque des dégâts directs : réduction des rendements (chutes précoces de fruits jusqu’à 50 % et défoliation partielle sur les variétés sensibles), baisse de la valeur commerciale des fruits malades sur les marchés locaux, et indirects :restriction d’accès aux marchés d’exportation du fait du statut d’organisme nuisible de quarantaine de la bactérie dans de nombreux pays. Bien que la maladie n’induise pas la mort des plants infectés, l'incidence économique du chancre Asiatique pour la filière agrumicole est donc globalement significative.
Un véritable travail d’équipe s’est alors mis en place entre plusieurs organismes :
- Le Cirad à travers l’UMR-PVBMT (Unité Mixte de Recherche – Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical) et le PHIM (Plant Health Institute of Montpellier)
- L’ANSES (Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail)
- L’INRAPE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, la Pêche et l’Environnement aux Comores)
- FAREI (Food and Agricultural Research & Extension Institute à Maurice)
- NBA (National Biosecurity Agency aux Seychelles).
Ils ont ainsi étudié l’expansion géographique et la diversité de Xanthomonascitri pv. citri sur les agrumes dans la région du Sud-Ouest de l’Océan Indien.
Expansion géographique
L'expansion géographique est un facteur important dans l'émergence des agents pathogènes des plantes. Elle est, sans aucun doute, favorisée par l'augmentation de l’exportation de marchandises et par les voyages internationaux.
X. citri pv. citri s'est d’ailleurs répandue dans le monde entier en raison du transport de matériel végétal d'agrumes sur de longues distances.
Diversité de la bactérie
Une connaissance approfondie des variations génotypiques et phénotypiques (par exemple, la virulence, la résistance aux pesticides etc.) des bactéries à l'origine des épidémies de maladies végétales est essentielle pour optimiser la surveillance et la gestion de ces maladies.
« En utilisant une large collection de souches, des techniques de génotypage basées sur les répétitions en tandem ou le séquençage de génomes complets, ainsi que des tests de pathogénicité, nous avons caractérisé la diversité de cette bactérie dans la région » précise Olivier PRUVOST, chercheur au Cirad.
La grande majorité des souches de la région (archipels des Comores et des Mascareignes) appartiennent à une seule et même lignée génétique qui a la capacité de développer la maladie sur une large gamme d’agrumes et leur proximité génétique suggère une source commune dont l’arrivée dans la région a été datée vers le milieu du 19èmesiècle.
Cette étude apporte la première description dans la région d’une autre lignée génétique composée de souches uniquement pathogènes du limettier [citron galet] et d'un nombre limité d’espèces proches. Plusieurs introductions indépendantes de ces souches ont été réalisées dans la région (Moheli, Maurice et Réunion) et ces souches ne montrent pour l’instant pas de structure épidémique.
En revanche, les souches présentes aux Seychelles sont diverses et clairement différentes de celles détectées aux Comores et aux Mascareignes. Certaines souches des Seychelles ont montré une plus grande pathogénicité sur certaines espèces d’agrumes. Aucun signe de mouvement inter-îles récent du pathogène n’a été décelé à l'exception notable des Comores, où une circulation des souches dans l’archipel a été suggérée parles données génétiques.
Cette étude a été également l’occasion d’effectuer une surveillance de la résistance au cuivre (un pesticide massivement utilisé contre les maladies fongiques et bactériennes des plantes) récemment identifiée à La Réunion. En lien avec la faible circulation des souches à l’échelle régionale, la résistance n'a pas été détectée dans 568souches provenant d'îles de la région SWIO autres que La Réunion. La présence de cette résistance à La Réunion complique davantage la lutte contre cette maladie.
Globalement, la pression parasitaire mise en évidence constitue un frein clair à la culture d’espèces d’agrumes sensibles au chancre Asiatique. La maladie semble demeurer absente à Madagascar, constituant une situation épidémiologique privilégiée par rapport aux autres pays de la COI.